Cơ cấu tổ chức của CEPC gồm:

    1. Hội đồng trường;

    2. Hiệu trưởng và các Phó Hiệu trưởng;

    3. Các phòng chuyên môn, nghiệpvụ:

              a) Phòng Tổng hợp;

              b) Phòng Đào tạo;

              c) Phòng Công tác người học, sinh viên;

              d) Phòng Tài chính - Kế toán;

              e) Phòng Quản lý khoa học và quan hệ quốc tế.

    4. Các khoa, trung tâm :

              a) Khoa Khoa học cơ bản;

              b) Khoa Kỹ thuật cơ sở;

              c) Khoa Điện;

              d) Khoa Điện tử viễn thông;

              e) Khoa Bồi dưỡng nâng cao;

              f) Khoa Kinh tế;

              g) Trung tâm Ngoại ngữ - Tin học;

             h) Trung tâm đào tạo sửa chữa đường dây tải điện đang vận hành (Live-line) CEPC.

    Dưới các khoa có các bộ môn trực thuộc, các phòng thí nghiệm, các xưởng thực hành.

    Và một số phòng, khoa, tổ chức phục vụ đào tạo, nghiên cứu khoa học và triển khai ứng dụng; cơ sở sản xuất, kinh doanh, dịch vụ khác được thành lập khi CEPC mở rộng qui mô hoạt động và ngành nghề đào tạo.

    5. Các hội đồng tư vấn.